12年前、木叶忍者村を襲った伝説の獣である「九尾の妖狐」。当時の火影は自分の命を捨てて、九尾を新生児の漩渦鳴人の身体に封印した。
村の人々は第4代火影を英雄として、九尾を封印した鳴人を妖狐の化身として見ないで、第4代火影が望むように「妖狐の封印の英雄」として見ることができなかった。そのため、鳴人は小さい頃から「怪物」として見られて孤立してきた。伊魯卡先生が子供の頃の思いを思い出すように、「バカにされるよりも透明人にされる方がまし」と鳴人は、他の人の注意を引くためにいたずらをするようになった。しかし、忍者学校の卒業試験に合格し、伊魯卡先生が彼を最初に認めた人となったことで、その状況は徐々に変化し、「火影」を目標に努力するようになり、すべての人々が彼の存在を認めるようになった。

あの終末の谷の激闘から約二年半――。
自来也との修業の旅を終えて久し振りに里に戻ったナルトを待っていたのは、医療忍者として頼もしく成長したサクラと相変わらずのカカシ。そして成長を遂げたかつての仲間達だった。しかし再会の喜びもつかの間、木ノ葉に衝撃の報せが入る。砂隠れの風影となった我愛羅が“暁”に連れ去られたのだ！
動き出した“暁”の目的は全ての尾獣を狩ること。 同じ苦しみをもつ人柱力として我愛羅の身を案じ、憤るナルトは綱手の命のもとサクラ、カカシと共に三人一組を結成！ 我愛羅救出の任に赴く。
圧倒的な力をもつ“暁”との対決の行方は！？ そして大蛇丸転生の準備が整いつつあるサスケの運命は！？ ナルトの戦いが新たなる風を巻き起こす！